本作の物語は、全三部構成のシナリオで語られます。

現在の早期アクセス版では
「第一部：叢雲同盟」「第二部：青い音階」を収録しています。

第一部 : 叢雲同盟

神奈川県の某所に、生徒数8000人を誇る巨大校「暁雲（ぎょううん）高校」があった。

暁雲の部活動のひとつである「二輪部」は、ある事件をきっかけに部員の退部が相次ぎ、

消滅の危機に瀕していた。

だがそんな状況の中、二輪部の部長・梶原章太郎は、治安が乱れた暁雲高校の平和を守るため、

友人らと共に自警団「叢雲同盟（むらくもどうめい）」を結成する……。

2017年4月。新学期が始まると同時に、暁雲高校の生徒全員に対し重大な告知がなされた。

翌年に近隣の学校が統合され生徒数3万人という超巨大校「暁雲学園」に生まれ変わると言うのだ。

これを受け、統合される学校間の抗争が激化。翌年の覇権を争う戦いが勃発した。

梶原に代わり叢雲同盟の指揮を執る鏡は、地域の平和のため、抗争を収めるために奔走する。

そして激闘の中で彼らは、水面下から響く異音の存在に気付く。